Terapię w WTZ realizuje się na podstawie indywidualnego programu terapii i rehabilitacji dostosowanego do potrzeb i możliwości każdego uczestnika. Postępy z realizacji indywidualnego programu oceniane są przez Radę Programową i co 3 lata Rada Programowa zajmuje stanowisko, co do dalszych losów uczestnika warsztatu:
1. podjęcie zatrudnienia i kontynuowanie rehabilitacji zawodowej w warunkach pracy chronionej lub na przystosowanym stanowisku pracy;
2. skierowanie osoby niepełnosprawnej do ośrodka wsparcia ze względu na brak postępów w rehabilitacji;
3. przedłużenie uczestnictwa w terapii ze względu na:
· pozytywne rokowania co do przyszłych postępów rehabilitacji umożliwiających podjęcie zatrudnienia,
· okresowy brak możliwości podjęcia zatrudnienia,
· okresowy brak możliwości skierowania osoby niepełnosprawnej do ośrodka wsparcia.
Warsztat to nie tylko przygotowanie do wykonywania różnych prac, ale też nauka samodzielności, przygotowania do aktywnego spędzania czasu wolnego. W związku z tym w WTZ organizowane są liczne zajęcia dodatkowe typu: wycieczki, imprezy integracyjne i okolicznościowe, wyjścia do kina, pizzerii itp. Uczestnicy bardzo chętnie biorą udział szkoleniach psychologiczno-doradczych, których celem jest zwiększenie stopnia przygotowania zawodowego. Pod okiem specjalistów uczą się wypełniać dokumenty aplikacyjne, określać swoje predyspozycje zawodowe.